A．只含有一种元素的物质不一定是纯净物，例如氧气和臭氧，故A错误；B．石墨和金刚石为不同物种，石墨转变为金刚石为化学变化，故B正确；C．水很稳定是因为水分子中H-O键的稳定性，与水分子间存在较强的分子间作用力无关，故C错误；D．相对分子质量相同化学式不一定相同，例如磷酸和硫酸都是98，但是二者具有不同的化学式，故D错误；故选：B．
