看你是要对比几条序列了，
双序列比对需要BLAST，NCBI上有，也可以在百度搜索本地版的下载下来，
多序列比对需要cluxtal X软件， 要把所有基因序列fasta格式放在一起，需要输入所有序列的fasta格式，然后进行多序列联配！
进入NCBI网站，点击BLAST，进入界面后，有很多选项供选择，如BLAST 2 sequences， 点进进入后，有两个框框，分别用来放入要比对的序列；
当然，也有多对序列分析的。
用什么软件，很多软件都可以的。个人觉得cluxtal,DNAMAN比较好用
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