不会。就算会，那也不影响你的结果，因为目的片段不连到载体上去都是没有意义的。
当然如果考虑到极端的情况，目的片段彼此自连，然后在连接到载体上去，这样的概率太小了，同样你也会检测出来，也可以去磷酸化，防止这种情况发生。
所以，不需要考虑类似的问题。
我觉得这要看你的目的片段是什么类型。如果你的目的片段是平末端，我觉得片段之间自连是肯定存在的。如果你的目的片段是粘性末端，并且两端的粘性尾巴不一样，片段之间自连应该就不会发生了。极端一点的情况，假如你的片段粘性末端一侧是诸如5‘-AGCT-3’这样的尾巴，这样片段也是可以自连，但是这样自连后的片段两侧的粘性末端是一样的，应该是不能连到载体上。片段是否自连，也可以通过酶切和PCR验证。
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