按照植物病原类别划分，将果树病害分为侵染性病害和非侵染性病害两大类。侵染性病害又根据病原生物的类别分为真菌病害、细菌病害、病毒病害和线虫病害等。按照寄主作物类别划分：果树病害还可细分为苹果病害、梨病害、核桃病害、板栗病害、枣病害等。按照受害器官类别划分，果实病害、叶部病害、枝干病害和根部病害。
