(1)菜豆种子的胚是由[②]胚芽、[③]胚根、[⑤]子叶和胚轴四部分组成.胚是种子的主要部分.(2)①种皮质地坚硬,对种子有保护作用.(3)在种子萌发的过程中,胚根生长最快,发育成根,胚芽发育成茎和叶,胚轴发育成连接茎和根的部分.故答案为:(1)胚芽;胚根;子叶;(2)种皮;(3)胚根;胚芽