根据你介绍的情况，建议你用部分土地使用权来换取部分房屋的产权。你用土地使用权来换取房屋的使用权而非产权，显然是吃亏的。办理分户或者是新房的共有产权，这样比较合适。另外土地使用权不是说就一楼有，二楼三楼没有。这个土地使用权是每层分得一部分。这个事比较细致，你最好找个房产律师给你具体操作一下。现有的合同肯定是吃亏的，不要签。你看房地产市场上土地出让金占到房价的比例就明白其中的道理了。
最好别签。签了以后你的土地使用权就没了，你没土地使用权怎么会有房产证，最后人家甲方说拆就拆了，你地和房子全都会没有了。
私下里约定的前提还要看双方的土地所有权属以及相关的政府建设部分的批文，是否涉及土地过户以及后续的房产权属问题 ，建议咨询土地、房产管理部门以及律师。
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