从2003年开始，根据教育部关于深化高校录取制度改革，进一步扩大高校在招生中的自主权，促进中学素质教育全面开展的有关精神，北京大学、清华大学等22所高校实行了部分招生计划自主招生，自主招生人数不超过学校年度本科招生计划总数的5%。
具体做法为，由各地中学推荐在某方面有特殊才能、培养潜质，或综合素质突出的优秀人才，高校自己组织考试，通过笔试和面试两轮考试确定自主招生的对象，但入选考生依然要参加全国的统考。2004年，实行自主招生的高校数目进一步扩大到28所，选拔方式也改为学校推荐和学生自荐两种方式。自主招生对象的惟一不同在于，可以在当地录取线下20分以内录取，而且将尽量满足学生的专业选择。
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